7/10/2009 tarihli ve 27369 mükerrer sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan Gümrük Yönetmeliğinde yapılan ve önem arz eden değişikliklerin bir kısmına aşağıda yer verilmiştir.
İlk olarak Yönetmeliğin 23. maddesinin 1. fıkrasının (a) bendi: “a) Yönetim kurulu üyeleri, sermayesinin yüzde on ve fazlasına sahip gerçek kişiler ile gümrük ve dış ticaret işlemlerinde temsil yetkisini haiz çalışanlarının; devletin güvenliğine karşı suçlar, anayasal düzene ve bu düzenin işleyişine karşı suçlar, devlet sırlarına karşı suçlar ve casusluk, zimmet, irtikâp, rüşvet, güveni kötüye kullanma, hırsızlık, dolandırıcılık, sahtecilik, inancı kötüye kullanma, hileli iflas, yalan tanıklık, suç uydurma ve iftira suçları ile ihaleye fesat karıştırma, edimin ifasına fesat karıştırma, suçtan kaynaklanan mal varlığı değerlerini aklama, uyuşturucu veya uyarıcı madde imal ve ticareti suçlarından ve bilişim alanında suçlardan mülga 1/3/1926 tarihli ve 765 sayılı Türk Ceza Kanunu ile 26/9/2004 tarihli ve 5237 sayılı Türk Ceza Kanununa; vergi kaçakçılığı veya vergi kaçakçılığına teşebbüs suçlarından 4/1/1961 tarihli ve 213 sayılı Vergi Usul Kanununa; mülga 7/1/1932 tarihli ve 1918 sayılı Kaçakçılığın Men ve Takibine Dair Kanuna, mülga 10/7/2003 tarihli ve 4926 sayılı Kaçakçılıkla Mücadele Kanununa, 21/3/2007 tarihli ve 5607 sayılı Kaçakçılıkla Mücadele Kanununa, 19/4/1990 tarihli ve 3628 sayılı Mal Bildiriminde Bulunulması, Rüşvet ve Yolsuzluklarla Mücadele Kanununa, 20/2/1930 tarihli ve 1567 sayılı Türk Parasının Kıymetini Koruma Hakkında Kanuna, 4/12/2003 tarihli ve 5015 sayılı Petrol Piyasası Kanununa, 11/10/2006 tarihli ve 5549 sayılı Suç Gelirlerinin Aklanmasının Önlenmesi Hakkında Kanuna, 12/6/1933 tarihli ve 2313 sayılı Uyuşturucu Maddelerin Murakabesi Hakkında Kanuna, 3/6/1986 tarihli ve 3298 sayılı Uyuşturucu Maddelerle İlgili Kanuna muhalefetten ceza veya mahkumiyet kararı bulunmaması,” şeklinde değiştirilmiştir.
Ayrıca aynı Yönetmeliğin 38. maddesi de aşağıdaki şekilde değiştirilmiştir:
“(1) 205 inci maddenin dördüncü fıkrası hükümleri saklı kalmak kaydıyla menşe esaslı ticaret politikası önlemlerine, ilave gümrük vergisine veya ek mali yükümlülük gibi diğer mali yükümlülüklere tabi eşyanın serbest dolaşıma girişinde önlemin, ilave gümrük vergisinin veya mali yükümlülüklerin uygulanmaması için eşyanın söz konusu uygulamalara tabi ülke menşeli olmadığını veya başka bir ülkede gördüğü değişiklik ve işlemler dolayısıyla o ülke menşeli sayılmaması gerektiğini veya İthalat Rejimi Kararı eki listelerde Dünya Ticaret Örgütü üyesi olmayan ülkeler için öngörülen gümrük vergisi oranının aynı listelerde yer alan Diğer Ülkeler sütununda gösterilen gümrük vergisi oranından daha yüksek bir oranda belirlenmiş olması halinde eşyanın Dünya Ticaret Örgütü üyesi ülke menşeli olduğunu tevsik etmek üzere menşe ülkenin veya ihracatçı ülkenin yetkili makamlarınca düzenlenmiş olan menşe şahadetnamesi ibraz edilir.
(2) Menşe şahadetnamesinin sonradan ibraz edileceğinin serbest dolaşıma giriş beyannamesinde belirtilmesi veya ibraz edilen menşe şahadetnamesinin şekil veya muhteva itibarıyla yanlış veya eksik bilgi taşıması nedeniyle gümrük idaresince kabul edilmemesi halinde; İthalat Rejimi Kararı eki listelerde Dünya Ticaret Örgütü üyesi olmayan ülkeler için uygulanan yüksek oranda vergiden kaynaklanan gümrük vergisi farkı, menşe esaslı ticaret politikası önlemleri, ilave gümrük vergisi veya ek mali yükümlülük gibi diğer mali yükümlülükler nakit teminata bağlanmak suretiyle usulüne uygun bir menşe şahadetnamesi ibrazı için beyannamenin tescil tarihinden itibaren altı aylık süre verilir. Mücbir sebep halleri saklı kalmak ve bitiminden önce başvurmak kaydıyla bu süre gümrük idare amirince en fazla otuz gün uzatılabilir. Süresi içinde usulüne uygun olarak düzenlenmiş menşe şahadetnamesinin ibrazı halinde alınan teminat iade edilir. Menşe şahadetnamesinin kabul edilmemesi halinde ise alınan teminat irat kaydedilir.
(3) İkinci fıkrada belirtilen haller dışında, İthalat Rejimi Kararı eki listelerde Dünya Ticaret Örgütü üyesi olmayan ülkeler için uygulanan yüksek oranda vergiden kaynaklanan gümrük vergisi farkı, menşe esaslı ticaret politikası önlemleri, ilave gümrük vergisi veya ek mali yükümlülük gibi diğer mali yükümlülüklerin beyan edilerek ödenmesi halinde, beyannamenin tescil tarihinden itibaren altı aylık süreyi aşmamak üzere menşe şahadetnamesi ile gümrük idaresine başvurulması halinde, tahsil edilen tutar geri verilir. Mücbir sebep halleri saklı kalmak ve bitiminden önce başvurmak kaydıyla bu süre gümrük idare amirince en fazla otuz gün uzatılabilir.”
Beraberinde aynı Yönetmeliğin 205. maddesinin dördüncü fıkrasından sonra gelmek üzere şu fıkra eklenmiştir: “(5) Bir ila dördüncü fıkra hükümleri, yürürlükteki İthalat Rejimi Kararı eki listelerde Dünya Ticaret Örgütü üyesi olmayan ülkeler için öngörülen gümrük vergisi oranının aynı listelerde yer alan Diğer Ülkeler sütununda gösterilen gümrük vergisi oranından daha yüksek bir oranda belirlenmiş olması halinde de uygulanır.”
Aynı zamanda Yönetmeliğin 207. maddesinin 4. fıkrası şu şekilde değiştirilmiştir: “(4) İzin hak sahibinin, izin belgesinde öngörülen sürenin sona ermesinden itibaren otuz gün içerisinde izni veren gümrük idaresine müracaatı üzerine yerinde yapılan denetimlere ilişkin bilgilerin yer aldığı, Ek-27’de yer alan Nihai Kullanım Denetim Formu esas alınarak, izin belgesi kapsamına giren işlemler itibariyle ilgili izin hak sahibinin mali kayıtları üzerinden nihai kullanıma konu eşyanın nihai kullanım amacına uygun kullanımda olup olmadığının tespiti ve teminat iadesine ilişkin diğer iş ve işlemler yetkilendirilmiş gümrük müşavirince düzenlenecek rapora istinaden yerine getirilir. İzin belgesinde öngörülen sürenin sona ermesinden itibaren otuz gün içinde izni veren gümrük idaresine herhangi bir müracaatta bulunulmaması halinde eşyaya ilişkin indirimli veya sıfır vergi oranı uygulanması nedeniyle alınmamış olan fark vergiler tahsil edilir. Eşyaya ilişkin olarak alınmış bir teminat olmaması halinde izin belgesinde öngörülen sürenin sona ermesinden itibaren otuz günlük süreden sonra izin hak sahibi tarafından yetkilendirilmiş gümrük müşavirince düzenlenmiş raporun izni veren gümrük idaresine sunulmasına kadar geçen her gün için Kanunun 241 inci maddesinin birinci fıkrası hükmü uyarınca işlem yapılır.”
Aynı Yönetmeliğe şu şekilde bir geçici madde eklenmiştir: “GEÇİCİ MADDE 21- (1) Nihai kullanıma tabi eşyaya ilişkin alınmış bir teminat olmaması durumuyla sınırlı olarak, bu maddenin yürürlüğe girdiği tarihten önce nihai kullanım izin belgesinde öngörülen süre dolmuş ise otuz günlük gümrük idaresine başvuru süresi bu maddenin yürürlüğe girdiği tarih itibarıyla başlar. Otuz günlük süre sonuna kadar yetkilendirilmiş gümrük müşavirince düzenlenecek raporun izni veren gümrük idaresine sunulmaması halinde Yönetmeliğin 207 nci maddesinin dördüncü fıkrasında belirtilen müeyyide uygulanır.”